据《珠海特区报》报道，据介绍，对总机构不在珠海的自主创新型软件企业（即分支机构），为鼓励其以珠海机构的名义销售软件产品，税务部门给予办理增值税一般纳税人的认定手续，供应增值税专用发票；软件企业在申报省级“双软”认证期间，可先予办理增值税超税负部分即征即退，若最终未通过省级认定机构认定的，所退的税款应予追补。对新认定的软件企业按Ｂ类以上企业进行税务管理，在专用发票供应、出口退税、纳税检查等方面享受便利条件。

    国税部门还对自主创新型企业的软件产品增值税实际税负超过３％部分即征即退的工作，实行按月办理退税，年终结算的办法。同时取消了国家高新技术产业开发区内高新技术企业减免企业所得税的审批；对自主创新型企业的普通发票供应服务实行优化，对发票供售面额和数量不设限制，按需供售。简化自主创新型企业发票验旧供新流程。

    市地税局征收管理科负责人告诉记者，对自主创新型企业，税务部门还开通纳税申报“绿色通道”，设置专门窗口；凡自主创新型企业申请的涉税事项，税务机关各职能部门给予优先办理。并为自主创新型企业提供办税预约服务。